00001 #ifndef DEF_INTERVAL_FIND_H 00002 #define DEF_INTERVAL_FIND_H 00003 00004 00005 00016 typedef struct { 00017 int source; 00018 char *name; 00019 char *chromosome; 00020 char strand; 00021 int start; 00022 int end; 00023 int subIntervalCount; 00024 Array subIntervals; 00025 } Interval; 00026 00027 00028 00032 typedef struct { 00033 int start; 00034 int end; 00035 } SubInterval; 00036 00037 00038 00039 extern void intervalFind_addIntervalsToSearchSpace (char* fileName, int source); 00040 extern Array intervalFind_getOverlappingIntervals (char* chromosome, int start, int end); 00041 extern Array intervalFind_getAllIntervals (void); 00042 extern int intervalFind_getNumberOfIntervals (void); 00043 00044 00045 00046 #endif