00001 #ifndef DEF_BLAST_PARSER_H
00002 #define DEF_BLAST_PARSER_H
00003
00004
00005
00016 typedef struct {
00017 char* qName;
00018 Array entries;
00019 } BlastQuery;
00020
00021
00022
00026 typedef struct {
00027 char* tName;
00028 double percentIdentity;
00029 int alignmentLength;
00030 int misMatches;
00031 int gapOpenings;
00032 int qStart;
00033 int qEnd;
00034 int tStart;
00035 int tEnd;
00036 double evalue;
00037 double bitScore;
00038 } BlastEntry;
00039
00040
00041
00042 extern void blastParser_initFromFile (char* fileName);
00043 extern void blastParser_initFromPipe (char* command);
00044 extern void blastParser_deInit (void);
00045 extern BlastQuery* blastParser_nextQuery (void);
00046
00047
00048
00049 #endif
